L'EPF est membre de l'Agence Foncière du Doubs. A ce titre, il bénéficie des services de l'Agence Foncière qui en assurent le fonctionnement. Une convention permet toutefois de rembourser une partie des frais correspondants.

Le financement des acquisitions repose sur l’emprunt, la Taxe spéciale d’équipement (TSE), et les rétrocessions, auxquels s'ajoutent des frais de portage (fixés à 1,5 % par an dans le règlement d'intervention) pour chaque bénéficiaire d'une opération de portage, qu'il s'agisse d'une communauté d'agglomération, d'une commune ou du Conseil Général.
Le 18 novembre 2008, la taxe spéciale d’équipement, spécialement destinée à financer ce type d’établissement, a été votée à hauteur de 3.6 M€, en remplacement des subventions publiques des collectivités. Ce montant n’a pas évolué depuis.